Массовая волна появления немцев на Алтае пришлась на годы войны. Немцы, живущие в Поволжье, массово были депортированы в Сибирь и, в том числе, на Алтай, после указа от 28 августа 1941 года. Немцы на алтайской земле теперь жили в спецпоселениях под управлением комендатуры, либо их отправляли в трудовую армию. Многих немцев, которые оказались на фронте на момент начала войны, позже также депортировали на Алтай. Трудовая армия была упразднена в 1949 году, но бывшие трудоармейцы получали статус спецпоселенцев и прикреплялись к своим предприятиям. Спецпоселения были упразднены только в 1956 году. На сегодняшний день на Алтае проживает большое количество потомков депортированных немцев.